A EMT que utiliza pulsos magnéticos para alterar a atividade neural (a curto e longo prazo) da área estimulada. A Neuroplasticidade pode ocorrer de forma localizada, exatamente sob a bobina ou ainda a nível de rede, em todo o cérebro.
O campo magnético, gerado com a bobina colocada sobre o couro cabeludo, passa eficientemente através do crânio, permitindo que os estímulos magnéticos induzam correntes focais no tecido cerebral subjacente.
Através de protocolos de estimulação e alvos específicos, a EMT pode ser utilizada para o tratamento de alguns tipos de dor crônica, transtorno depressivo maior e como auxílio no processo de reabilitação de sequelas após doenças neurológicas.